Benedicto IX (21 octubre 1032 - septiembre 1044; 10 marzo -1 mayo 1045; 8 noviembre 1047 - 16 julio

La elección. Una amenaza terrible se cernía sobre el pontificado, al cerrarse el círculo familiar, cuando Alberico III, conde de Tusculum, y hermano de los dos anteriores papas, promocionó a su propio hijo, Teofilacto, que cambió su nombre por el de Benedicto. Era sin duda muy joven, aunque no un niño, como algunas fuentes tratan de decir. El poder iba a ser en la práctica ejercido por su padre. La Crónica de Desiderio de Montecassino atribuye a este papa toda suerte de vilezas, si bien los historiadores entienden que se mezclan evidentes exageraciones para la propaganda. Hubo, como puede suponerse, una línea de continuidad con el pontificado anterior, incluyendo la estrecha alianza con Conrado II. En Cremona el emperador exigió la deposición de Alinardo, arzobispo de Milán, para dar paso a un candidato suyo; el papa demoró un año la resolución, para dejar sentado que era necesario un juicio previo, pero al final accedió. Benedicto tomó parte personalmente en la expedición de Conrado al sur de Italia, aportando tropas que Pandulfo de Salerno, marido de su tía, proporcionó. Esta acción le permitió una ganancia: el 1 de julio de 1038 la abadía de Montecassino fue puesta bajo la directa dependencia de la Sede Apostólica. En el sínodo romano de abril de 1044, reinando ya Enrique III (1039-1056), devolvió a Grado su carácter de sede patriarcal.

La revuelta. Las facciones romanas seguían en pie. En septiembre de 1044 los Crescencio provocaron una revuelta en Roma y obligaron al papa a huir. Durante meses dos bandos se combatieron en las calles de Roma. El 20 de enero de 1054 los Crescencio convencieron a Juan, obispo de la ciudad de Sabina, que era una especie de capital de sus dominios, para que aceptase ser elegido papa. Cambió su nombre por el de Silvestre III. Probablemente es falsa la noticia de que pagó abundantemente por este cargo. El 10 de marzo del mismo año, Benedicto conseguía regresar a Roma, expulsando a su rival, que retornó a Sabina, cubierto por la protección de los Crescencio, y reasumió sus funciones episcopales.

La segunda etapa en el pontificado de Benedicto IX fue muy breve ya que el 1 de mayo abdicó en favor de su padrino Juan Graciano, arcipreste de San Juan ante Portam Latinam y perteneciente a una acaudalada familia de banqueros, Pierleoni, de origen judío. Benedicto había exigido como condición para su renuncia que se le indemnizase por los gastos sufridos, que se fijaron en la suma de 1.500 libras de oro. Esta transacción, en la que intervino un converso, pariente de Graciano, Baruc/Benito, constituía, por encima de las formas electorales que se cumplieron, un caso claro de simonía. Los que apoyaron al principio a Graciano con la esperanza de que diera el impulso decisivo a la reforma, en especial san Pedro Damiano, quedaron profundamente decepcionados.

Sínodo en Sutri. Ahora había tres personas que podían titularse papas: Juan Graciano, que tomó el nombre de Gregorio VI en memoria de san Gregorio Magno; Benedicto IX, dimisionario, retirado a los dominios de su familia en Tusculum; y Silvestre III que vivía en Sabina. Enrique III, que estableció relaciones con Gregorio, como si aceptara su legitimidad, le invitó a convocar un sínodo en Sutri, cerca de Roma (20 diciembre de 1046) a fin de tomar decisiones que permitiesen aclarar la compleja situación. El rey de Romanos se demoró un tanto en Pavía para presidir una asamblea que renovase las sentencias contra la simonía. Silvestre III fue condenado a deposición y privado de las órdenes sagradas, debiendo pasar el resto de su vida en un monasterio, aunque sabemos que continuó durante años oficiando como obispo. Benedicto IX, que no asistió, fue también depuesto bajo la grave acusación de simonía. Respecto a Gregorio VI, cuyo nombre se mantendría en la lista de papas, hay cierta inseguridad: parece que fue obligado a abdicar señalándosele una nueva residencia en Renania bajo la custodia del obispo Hermann de Colonia. En este destierro le acompañaba uno de sus principales colaboradores, el monje Hildebrando, que llegaría a ser el alma de la reforma.

En Sutri, según señala K.-J. Hermann (Die Tuskulaner...) se produjo un verdadero vuelco de la situación. Se volvía a la elección en presencia del emperador o sus mandatarios, lo que daba a éste un poder decisivo, y se rompía la norma ya secular de los papas romanos. Había triunfado la conciencia de que la cristiandad tenía que ser llevada lejos por el camino de la reforma.